目前，农村饮水安全工程建设存在的问题：
水源的水质很难得到保障，我国农村饮用水的水源以地下水为主，但随着工业规模的扩大和社会的不断进步，地表和浅层地下水的都受到不同程度的污染，另一方面，地下水的过度开采降低了地下水水位，既增加了取水难度，又增加了取水成本。
农村饮水安全工程建设资金投入不足，饮用水处理设备陈旧、水处理设施及输配水官网不配套，急需政府投资大量精力进行升级改造，提高工程的供水能力。
农村饮水安全工程比较分散，大部分地区缺乏专业维护和使用人员，管理难度大。
农村饮水安全工程建设要根据当地实际情况，对现有水资源进行充分利用，向集中化、规模化发展，确保工程长期发挥供水效益。确立每个水厂的管理主体，建立健全管理制度，定期进行现场督查。
农村饮水安全除了合理管理外还要引进先进的管理系统，将自动化的信息系统应用在水资源管理中，以此来简化传统工作，实现各水厂的实时监控，提高供水管网的规范化、网络化。为保障整个农村饮水工程的长效运行，山东锋士自主研发了农村饮水安全管理系统，将各水厂的基础数据管理、运行管理、项目管理、行业管理等进行电子化，实现水厂的智能、精准控制，系统建成可以提高水厂的安全防护能力，降低生产人员的工作强度，提高水厂的服务能力。在保障水源的同时又可以监控整个输水管网的水质安全。
加强节水意识宣传，将安全用水、环境卫生及健康教育对群众进行宣传，提高群众对饮用水安全的认识，让群众充分认识到水是生命之源，保护水源地的必要性。